La iglesia lleva el nombre de la Nuestra Señora de Czestochowa, por la virgen negra de Polonia, un ícono religioso en ese país, cuyo origen se atribuye a una antigua pintura realizada por Lucas el Evangelista y que según uno de los documentos más antiguos de Jasna Góra, viajó desde Jerusalén vía Constantinopla, hasta llegar finalmente en Agosto de 1382 a Czestochowa, una ciudad industrial, situada al sur de Polonia.

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En Guayaquil, la iglesia Nuestra Señora de Czestochowa fue construida el 14 de Junio de 1981, en acción de gracias por salvar la vida del Papa Juan Pablo II (Karol Wojtyla), después del atentado a su vida, el 13 de Mayo de 1981 de acuerdo a voto realizado por el Cardenal Bernardino Echeverría en aquel entonces Arzobispo de Guayaquil.

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San Juan Pablo II, visitó el templo, el 31 de Enero de 1985, durante su viaje de cuatro días a Ecuador, en la que bendijo el lugar en honor a la Virgen de Czestochowa, patrona de Polonia su tierra natal.